影响肾癌预后的最主要因素是病理分期，此外，组织学分级、患者的行为状态评分、症状、肿瘤中是否有组织坏死、一些生化指标的异常和变化等因素也与肾癌的预后有关。既往认为肾癌的预后与组织学类型有关，肾乳头状腺癌和嫌色细胞癌的预后好于透明细胞癌；肾乳头状腺癌Ⅰ型的预后好于Ⅱ型；集合管癌预后较透明细胞癌差。但有研究表明，与TNM分期、癌细胞分级和体能状态评分相比，组织学亚型并不是独立的预后因素，在肿瘤的分期、分级相同情况下各亚型之间的预后没有显著性差异。但不同组织学类型的mRCC对细胞因子治疗的反应率不同，透明细胞癌型患者的反应率约为10％-20％，而肾乳头状腺癌和嫌色细胞癌细胞因子治疗效果差。