临床上结肠镜诊疗的并发症虽然比较少见，但却无法避免，严重者可能致命，不管是内镜医生还是患者都不能忽视。据文献资料，一组超过25000例诊断性结肠镜的研究报告总的并发症（主要是出血和穿孔）发生率为0.35%，结肠镜下息肉切除并发症发生率升高到2.3%。当然，随着内镜医生经验的增加，并发症的发生率会有所降低。
一、穿孔
结肠镜检查并发肠穿孔的比例较低，诊断性肠穿孔发生率逐渐下降，随着肠镜下治疗的广泛开展，治疗性肠穿孔所占比例增高，发生穿孔后可引起腹腔积气、感染、脓毒血症、住院日延长甚至死亡。穿孔部位多数位于乙状结肠及其移行部，原因是该处肠腔相对狭窄，结肠系膜长，肠管迂曲游离性大，镜检时易拉长游离的肠管或镜身容易结襻，易造成乙状结肠穿孔。
二、出现穿孔的原因
1、进镜时未遵循循腔进镜原则，在未见肠腔走向或遇阻力时，盲目进镜顶破肠壁，镜身在肠腔内结襻，结肠过度伸长出现撕裂穿孔;
2、检查时过度注气造成肠腔内压力过大，加之原有疾病易造成损伤和穿孔;
3、取活检时咬取过深，尤其是溃疡型结直肠癌易发生穿孔，应在溃疡病变边缘处取材，不要在溃疡底部用力钳取，注意把握咬取的部位及深度;
4、肠道准备欠清洁导致视野模糊不清，经验不足和动作粗暴都易造成穿孔;
5、结肠镜下治疗息肉时，尤其是无蒂或亚蒂息肉，若圈套器所套位置过于贴近肠壁，电凝的功率、时间及部位掌握不好，容易发生肠壁全层损伤;
6、在无痛肠镜检查时，因被检查者对腹胀及腹痛无应激性反应，肌张力松弛，肠腔内过度充气等因素容易出现肠黏膜撕裂穿孔。
当怀疑肠穿孔时，立即吸除肠内气体并退镜，平卧，吸氧，行腹部立位平片，如发现气腹即可以确诊肠穿孔。肠穿孔的治疗取决于患者的能否耐受手术及有无肠道的器质性疾病，对于较大的穿孔，尤其是合并感染或肠道不清洁有较多内容物流入腹腔时，尽早外科手术治疗，行穿孔部位切除或修补术；对于肠道准备清洁且无合并肠道肿瘤等疾病的患者，可采用单纯性穿孔修补术。对于合并肿瘤的患者，若能耐受大手术，则行肿瘤根治性切除术后一期缝合；若为老年体质差患者，可行修补加造瘘术，一般情况改善后再行二期手术。肠镜穿孔也可以通过内镜下闭合方法进行即刻缝合或者封堵（如钛夹和内镜辅助缝合器械），从而避免了手术，促进患者的恢复。
二、气胸、纵隔气肿、阴囊气肿和静脉血栓
大肠穿孔后肠内气体逸入腹腔，由于穿孔部位不同，因而造成的后果亦不相同：若腹腔气体通过横膈裂孔，进入胸腔，出现气胸，若气体进入后腹膜腔，继而进入纵隔，则发生纵隔气肿，如纵隔胸膜破裂，则可同时出现胸腔和纵隔气肿，少数患者可以发生双侧气胸，引起心肺功能衰竭。
三、出血
结肠镜检查，特别是治疗性手术后，肠道出血是最容易发生的并发症之一。活检、息肉切除、电烧等肠镜下治疗发生出血的几率远高于诊断性肠镜检查。出血可能在息肉切除后很快发生，也有在术后数天才出现。出血部位可以通过内镜检查或红细胞核素扫描确定。报告的息肉切除术后出血的发生率为0.3%~6.1%，诊断性结肠镜出血发生率为0.09%。结直肠息肉切除1h后发生的出血称为迟发性出血，出血量大的患者需行内镜下止血治疗，而出血量小的患者大多为自限性出血，无需内镜下止血治疗。肠镜检查后持续腹痛或血压下降时要警惕腹腔内出血，应及时进行腹部超声及CT等检查。
结肠息肉切除术后并发出血采取的止血方法主要有电凝止血、氩气喷凝、止血夹封闭创面、喷洒止血药物、结肠镜下注射止血药物等。
四、肠道准备相关并发症
结肠镜检查前清洁肠道是为了更好地观察结肠黏膜，另外，还可以降低肠腔内有潜在爆炸性气体的浓度。已报道的肠道内气体爆炸的并发症极少。一组研究发现尽管只用标准的磷酸苏打灌肠行乙状结肠镜检查前的准备，有10%的患者肠腔内有可燃气体氢气和甲烷，而用聚乙二醇（PEG）行肠道准备的患者没有可燃气体。其他研究发现用甘露醇行肠道准备有肠道气体爆炸的潜在危险（做肠镜还会发生爆炸？）。含有聚乙二醇的平衡盐液和非聚乙二醇液如枸橼酸镁和磷酸盐(口服磷酸苏打)，在老年人、肾功能不全或淤血性心衰的患者，两种准备方法都可能引起致命性水电解质紊乱。口服肠道准备的其他少见并发症有呕吐引起的贲门粘膜撕裂综合征、食管穿孔和吸入性肺炎等。
五、化学性肠炎
化学性结肠炎是由于使用外源性化学制剂引起的急性结肠黏膜受损，临床症状以腹痛、腹胀及里急后重、粘液血便为主，一般不伴随有发热、畏寒，恶心、呕吐或体重减轻等全身症状。目前临床上常见的化学性结肠炎多由医源性因素引起，可引起化学性结肠炎的常见药物有：水溶性造影剂泛影葡胺、消毒剂戊二醛及过氧乙酸、常用灌肠所用肥皂水，甚至有如中草药、开塞露、食用醋等灌肠后引起化学性结肠炎的报道。
戊二醛是目前对医疗设备进行彻底消毒的最常用的消毒剂，广泛应用于各种内窥镜的消毒。对于接受肠镜诊疗术的患者，在术后２～４８ｈ内，出现急性腹痛、腹泻、畏寒发热、血容量不足、血白细胞升高等表现时，应考虑到消毒剂相关的急性化学性结肠炎的可能，必要时须让患者留院观察，严格监测生命体征变化。症状严重者须采取积极的治疗措施尤其是补充血容量，防治休克、解痉、抗炎等对症处理，必要时给予患者激素治疗，如出现凝固性坏死、持续性出血、穿孔及狭窄的患者则可能需要内镜及手术治疗。
六、息肉切除术后电凝综合征
息肉电凝切除术后综合征（PPCS）是指内镜治疗过程中高频电凝造成的透壁性损伤引起浆膜层炎症反应。国外最新文献报道其发生率为0.7%，更早的报道中其发生率分别为0.5％－1.2％和0.5％。息肉切除术后并发症的产生，可能与息肉的大小、类型、数目、部位、电凝时间及强度有关。常表现为术后出现的发热、腹痛、白细胞升高等表现，查体常见局限性压痛及反跳痛，多发生于术后24h内。该并发症预后较好，多数经抗感染、禁食、补液及营养支持等内科保守治疗后可缓解。该病与肠穿孔及腹膜炎不易鉴别，临床上肠穿孔证据应考虑该病，但经治疗后不缓解，应重新评价，以免漏诊穿孔。