虽然胶囊内镜无痛无创，无需麻醉，基本消除了传统胃镜检查带来的痛苦，但其局限性仍较大，无法替代胃镜在胃癌及其他胃肠疾病诊治中的地位。
与胃镜相比，目前应用的胶囊内镜仍存在几个缺陷。
- 可操作性差。医生很难自如地操控胶囊内镜的运动从而对特定部位进行观察。
- 胃内存在大量黏液或局部出血时，无法通过抽吸设备将其吸出，从而造成检查视野不清晰。
- 虽然可以拍摄清晰的消化道内影像，但无法明确具体位置，仅通过运行时间来判断位置往往可信度较差。
- 无法取组织样本进行病理检查，这一点对于诊断来说是至关重要的缺陷。
- 检查费用高。目前，进口胶囊内镜需要 8000~10000 元，国产胶囊内镜一次检查的价格略低，但也在 5000 元左右，远远高于传统胃镜几百元的检查费用。