消化科疾病大致可以分为功能性疾病和器质性疾病两大类。
消化科疾病种类繁多，根据机体是否存在可以解释相关症状的病理改变可以大致分为功能性疾病和器质性疾病。
功能性疾病的诊断和治疗占据了消化科门诊大部分的工作经历，功能性疾病大多症状反复，属于排除性诊断，诊断过程可能要花费巨大的精力及财力，但目前治疗手段效果欠佳，相当一部分患者会伴有焦虑、抑郁等精神症状，严重影响患者的生活和工作质量，造成了巨大的医疗负担。
胃肠道功能性疾病种类繁多，临床表现不尽相同，最常见的如肠易激综合征、功能性消化不良、功能性腹痛、功能性便秘、功能性腹泻等疾病，需要至正规医院就诊，排除器质性病变后才能确诊。
消化道器质性疾病病因多样，病种多样，根据病变部位可以分为食管、胃及十二指肠、小肠、结直肠、肝胆胰疾病，部分疾病可累及多个器官，而根据病理改变可以分为感染性疾病如急性胃肠炎、肠结核、病毒性肝炎等；神经肌肉功能性疾病如贲门失弛缓；炎症性疾病如溃疡性结肠炎、克罗恩病、胆囊炎、胰腺炎等；肿瘤性疾病如食管癌、胃癌、结肠癌等；血管畸形疾病如胃恒径动脉综合症、食管胃底静脉曲张等多种不同病理类型的疾病。