根据有无类上皮细胞可将肉芽肿病变分为有类上皮细胞肉芽肿及无类上皮细胞肉芽肿。有类上皮细胞肉芽肿中有坏死的类上皮细胞，多为原发性传染性病变，如结核、真菌感染。坏死性结节性肉芽肿、支气管中心肉芽肿、Wegener肉芽肿及类风湿性关节炎发生的坏死性类上皮肉芽肿，均为感染性肉芽肿。类上皮细胞无坏死发生，也可形成肉芽肿，如结节病、过敏性疾病等。细菌感染形成的炎性肉芽肿则多属于无类上皮细胞的肉芽肿。类上皮肉芽肿病变病理组织学鉴别诊断有时不容易，经胸壁肺穿刺诊断更困难。
(一)结节病
为无干酪坏死的类上皮结节，可发生在肺部。早期为肺实质单核细胞浸润，为非特异性肺泡炎，进一步发展形成肉芽肿。肉芽肿可分布在肺实质和支气管及血管周围间质中。晚期肉芽肿周围形成纤维包膜，陈旧性肉芽组织周边部产生纤维组织并透明变性，中心部残留少数巨细胞，也可完全为纤维组织取代。结节病时肺门及纵隔淋巴结受累较肺部受累多见，病理改变包括细胞浸润、肉芽肿、纤维化。
(二)淋巴瘤样肉芽肿
是一种血管中心性浸润性肉芽肿性疾病，又称之为血管中心性淋巴瘤。病理改变以血管为中心多形细胞浸润及多灶性坏死，浸润细胞多为小淋巴细胞、浆细胞、组织细胞及免疫细胞。
(三)炎性肉芽肿
细菌及真菌感染、变态反应等可形成炎性肉芽肿。肉芽肿由炎性细胞、巨噬细胞组成，有的可见类上皮细胞。其中外源性变态反应性肺泡炎性肉芽肿形态像结节病，与结节病的区别在于一般不累及肺门及纵隔淋巴结。
(四)朗格汉斯细胞肉芽肿
又称嗜酸性肉芽肿。朗格汉斯肉芽肿早期炎性病变为以细支气管为中心嗜酸细胞、淋巴细胞及中性粒细胞浸润，肺泡腔内可见朗格汉斯细胞(Langerhans细胞)、肺泡巨噬细胞。此病常累及肺小动脉及小静脉。病变晚期发生间质纤维化和小囊肿，此病可累及肺及骨骼。
(五)韦氏肉芽肿(Wegener肉芽肿)
韦氏肉芽肿的基本病变是小动脉及小静脉的血管炎和肉芽肿形成。病变常累及支气管和肺，为坏死性肉芽肿与多发性血管炎。肉芽肿内可见类上皮细胞、多核巨细胞、浆细胞、淋巴细胞、少数嗜酸性细胞等浸润。肉芽肿中心部可坏死形成空洞。支气管肉芽肿可引起肺不张。初期病变可累及上呼吸道，主要在鼻腔、口腔及咽喉部。