根据造血干细胞的来源个体不同，造血干细胞移植分为自体和异基因造血干细胞移植。
自体造血干细胞移植（autologous hematopoietic stem cell transplantation, auto-HSCT）
自体造血干细胞移植是指患者治疗时采用的造血干细胞来源于患者自身。由于干细胞来源于患者自身，所以一般不会发生排斥反应，移植并发症少。且无供者来源限制，移植相关死亡率低，移植后生活质量好，但因为缺乏移植物抗肿瘤作用以及移植物中可能混有残留的肿瘤细胞，故复发率高。
自体造血干细胞移植适用于下列患者：
- 对化疗敏感的淋巴瘤、多发性骨髓瘤患者；
- 某些危险程度较低的急性白血病患者。
异基因造血干细胞移植（allogeneic hematopoietic stem cell transplantation, allo-HSCT）
异基因造血干细胞移植是指造血干细胞来源于健康供者，如有血缘关系的亲缘供者或无血缘关系的无关供者等。由于干细胞来源于健康供者，无肿瘤细胞污染，且有移植物抗肿瘤效应，故复发率低，治愈率高，适应证广泛，甚至是某些疾患惟一的治愈方法。但供者来源受限，易发生移植物抗宿主病（graft versus host disease, GVHD），移植并发症多，导致移植相关的死亡率高，患者需使用免疫抑制剂。
异基因造血干细胞移植适用于具有下列疾病的患者：
- 危险程度中等或较高的急性白血病；
- 慢性粒细胞白血病；
- 骨髓增生异常综合征
- 对化疗效果比较差的高侵袭性淋巴瘤；
- 重型再生障碍性贫血；
- 地中海贫血；
- 先天性免疫缺陷。