化疗能杀死快速分裂的癌细胞，但同时也会杀死体内其它快速分裂的健康细胞，例如口腔黏膜、胃肠道黏膜、毛囊以及骨髓。
因此，化疗的副作用与这些受损细胞所在的部位有关。不过受损的非癌细胞会逐渐被健康的细胞取代，所以副作用往往只是暂时的。
具体出现的副作用取决于所使用的药物种类、剂量以及用药时间。
化疗最常见的副作用包括：
- 恶心和呕吐
- 食欲不振
- 毛发脱落
- 口腔溃疡
- 腹泻
- 不育（化疗潜在的永久副作用）
- 骨髓抑制
化疗对骨髓造成的其它副作用包括：
- 感染（化疗造成白细胞过低）；
- 出血或瘀伤（化疗造成血小板过低）；
- 与贫血有关的疲乏（化疗造成红细胞过低）。
有些药物可用于控制某些副作用，如恶心、呕吐或腹泻。虽然这可能需要一些时间，但这些副作用通常会在停止化疗后消失。
化疗前，请向医生咨询化疗药物可能导致的副作用以及应对措施。在每次化疗前，患者均需检查血常规、肝功能等以明确是否能耐受化疗。