胃蛋白酶原是合成胃蛋白酶的前体，一般是经过胃腔内胃酸，或者是其他已经成形且有活性的胃蛋白酶的作用后，再形成新的有活性的胃蛋白酶。
胃蛋白酶原分为胃蛋白酶原I和胃蛋白酶原II，其中胃蛋白酶原II，与胃底粘膜病变的相关性比较大。而胃蛋白酶原I则与胃窦粘膜的病变相关性比较大，二者数值上的异常以及二者比值出现变化代表胃里出现病变，但不一定是胃癌，很多良性病变也会出现比值的异常。
胃蛋白酶原I的升高与病理学上的胃底腺萎缩、肠上皮化生或者是幽门腺化生，甚至是出现不典型增生都有一定的关系的。
不过不能仅仅看这一个指标，还要根据症状并且结合胃蛋白酶原I的数值，以及胃蛋白酶原I和胃蛋白酶原II的比值来综合判定是否在胃内出现病变，二者比值进行性降低与胃粘膜萎缩进展相关，因此出现这个情况，则需要做胃镜检查以及查幽门螺杆菌。