电子结肠镜在检查的时候是没有疼痛的感觉的。这种检查方式不是有创检查，但是很可能在进入肛门的时候会感觉到有些不适。严格按照医生的嘱咐，采取正确的卧姿是能够缓解不适的情况的。
但是在做结肠镜之前，很可能需要服用刺激性的泻药，可能会导致腹痛以及腹泻等情况发生，有的患者不太容易承受，因此也要有所准备。在做结肠镜之前，患者比较紧张，也要做好开导工作，可以使用一些镇静药物，比如地西泮等，对于缓解患者的紧张情绪有很好的效果。在检查前，要告知患者结肠镜检查不会疼，也没有太大的痛苦，不要太过担心。
如果患者正在服用某些药物，例如降压药、降糖药等，要提前告知医生，让医生酌情安排服用时间；并且在做肠镜之前最好再次测量血压、血糖、心率和脉搏，各项数值正常以后再安排电子肠镜检查。