肿瘤的一些特点将影响肿瘤预后。比较重要的因素包括组织类型、原发肿瘤大小、腺体外侵犯、血管浸润、BRAF 突变、远处转移等。
（1）组织类型：PTC 患者的生存率总体较好，但肿瘤死亡率在特定的亚类型之间有较大差别。其中，高细胞型、鞋钉型、柱状细胞型和实性型为侵袭性亚型。
FTC 的典型特征是有包膜的孤立肿瘤，比 PTC 更有侵袭性。FTC通常有微滤泡结构，由于滤泡细胞浸润至包膜或血管而诊断为癌，浸润至血管者预后比浸润包膜者更差。高侵袭性 FTC 不多见，术中常可见其侵袭周围组织及血管。约 80%的高侵袭性 FTC 会发生远处转移，可导致约 20%的患者在确诊后几年内死亡。预后不佳与诊断时患者年龄大、肿瘤分期高、肿瘤体积大密切相关。PTC 与 FTC 预后相似，如果肿瘤局限于甲状腺内、直径小于1cm、或微转移，两者都有较好的预后。如果出现远处转移、高侵袭，则预后差。
（2）原发肿瘤大小：乳头状癌＜1cm，称为微小癌，通常为体检发现，致死率几乎为 0，复发风险也很低。但微小癌并不都是复发风险低的肿瘤。例如，约 20%的多灶性微小癌出现颈淋巴结转移，也有远处转移的风险。
肿瘤原发灶大小与预后、死亡率相关。有研究表明原发肿瘤最大径＜1.5cm 的 DTC 出现远处转移可能性较小，而较大肿瘤（＞1.5cm）30 年内复发率约 33%。最大径＜1.5cm 的 DTC 30 年死亡率为 0.4%，而较大肿瘤（＞1.5cm）为 7%。
（3）局部侵犯：约 10%的 DTC 侵犯周围器官/结构，局部复发率约为无侵袭性的肿瘤的 2 倍。侵袭性癌患者死亡率也升高，约1/3 的患者死亡。
（4）淋巴结转移：区域淋巴转移对预后的作用有争议。有证据支持区域淋巴结转移不影响复发和生存率。也有证据支持淋巴结转移是局部复发和癌相关死亡率的高危因素之一。淋巴转移与远处转移有一定相关性，尤其是那些双侧颈淋巴结转移，或淋巴结包膜外侵犯，或纵隔淋巴结转移。
（5）远处转移：对于 DTC，远处转移是导致死亡的主要原因。约 10%的 PTC、25%的 FTC 会出现远处转移。远处转移在嗜酸细胞腺29癌和年龄＞40 岁的患者中发现率更高（35%）。远处转移最常见的位置是肺，其次还有骨、肝、脑等。远处转移使预后变差。