无论是化学去势还是外科去势（睾丸切除），都能显著减少体内产生的雄激素，而雄激素的减少又会对其他器官功能产生影响，不可避免的产生副作用。
主要的副作用包括：
- 性欲降低；
- 勃起功能障碍；
- 潮热；
- 骨质疏松；
- 骨折；
- 肌肉无力；
- 血脂变化；
- 胰岛素抵抗；
- 体重增加；
- 情绪波动；
- 疲乏；
- 男性乳腺增生。
雄激素降低会引起腹泻、乳腺增生、恶心、潮热、性欲减退和勃起功能障碍等副作用，抗雄激素药物氟他胺还可能会导致肝功能受损。
抑制肾上腺产生雄激素的药物，如酮康唑、氨鲁米特、醋酸阿比特龙等，可能会引起腹泻、瘙痒和皮疹、疲劳、勃起功能障碍（长期使用）以及肝功能损伤等问题。
雌激素可用于治疗抗雄激素疗法导致的骨质流失，但同时会增加发生心血管疾病的风险，包括心梗和中风。由于这些副作用，雌激素现在很少用于前列腺癌的治疗。
内分泌治疗会加重放疗的一些不良反应，特别是勃起功能障碍及疲劳。另外，内分泌治疗的副作用也会随着用药时间延长而增强。
如何减少内分泌疗法的副作用？
- 二磷酸盐类药物（如唑来膦酸和阿仑膦酸钠）可用于减缓内分泌疗法导致的骨质疏松，增加骨密度。新药狄诺塞麦（denosumab），可通过其他机制增加骨密度，该药已于2011年在美国获批上市。但有研究报道，唑来膦酸和狄诺塞麦与一种罕见的并发症——下颌骨坏死关系密切。
- 运动可能有助于减少内分泌治疗产生的副作用，包括骨质流失，肌肉减少，体重增加，疲乏和胰岛素抵抗。已有若干项临床试验正在评估运动是否能有效逆转或预防前列腺癌内分泌治疗的副作用。
- 前列腺癌内分泌疗法对性功能的副作用，是一项最为棘手的问题。用于治疗勃起功能障碍的药物，如西地那非，通常对前列腺癌内分泌疗法所引起的性功能障碍无效，因为这些药物无法恢复丧失的性欲。
大多数男性停止接受内分泌治疗后，由低水平雄激素引起的性功能减退以及情绪方面的副作用会逐渐消失。然而，如果患者长年接受内分泌治疗，这些副作用可能无法完全消失。随着时间推移，像骨质疏松这样的副作用即使在停药后仍将持续存在。
患者应告知临床医生所有正在服用的药物，包括非处方类草药。因为一些草药会与体内的药物代谢酶相互作用，从而不利于内分泌治疗。
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