筛查有风险
关于筛查方法的选择可能很困难，并不是所有的筛查方法都有利，而是许多检查具有风险。不同的筛查方法存在不同的风险或危害。当您在考虑或准备进行检查的时候，或者当检查结果呈阳性的时候，筛查可能会使您焦虑。在进行任何筛查之前，您可能需要咨询医生，很有必要了解清楚检查存在的风险以及是否有证据表明其可降低癌症的死亡风险。
咨询医生您患结直肠癌的风险以及是否需要进行筛查。
可能会出现假阴性检测结果
即使患有结直肠癌，筛查结果也可能为正常。一个人有症状，他的检查结果为假阴性（实际患有癌症，筛查结果却显示没有），可能会造成延误就医。
可能会出现假阳性检测结果
即使没得癌症，筛查结果可能会显示异常。假阳性检查结果（筛查结果显示有癌症，其实没有）会导致焦虑，且需要进行进一步的检查（如活检），额外的检查也存在风险。
以下的结直肠癌筛查有风险：
结肠镜检查
结肠镜检查很少会出现严重的并发症，但有时会导致结肠内膜撕裂和出血。这些并发症常发生于活检或息肉切除，可能会很严重并需要住院治疗。
镇静剂用于减少镜检过程中的不适感。镇静剂可能会导致心肺问题，例如心律不齐，心力衰竭或呼吸困难。
乙状结肠镜检查
乙状结肠镜检查的并发症少于结肠镜检查。尽管也会发生结肠内膜撕裂和出血，但发生率低于结肠镜检查。乙状结肠镜检查通常不需要服用镇静剂，可降低出现并发症的风险。
虚拟结肠镜检查
与结肠镜或乙状结肠镜检查相比，虚拟结肠镜检查对身体伤害的风险最小。在虚拟结肠镜检查中暴露于x射线的危害尚不清楚。除结肠以外，虚拟结肠镜检查通常会发现其他器官存在的问题，包括肾脏、胸部、肝脏、卵巢、脾脏和胰腺。这些发现会导致更多的检查，如结肠镜检查，而这些检查可能无法改善患者的健康。
粪便潜血试验（FOBT）或粪便DNA检测
即使没有发现癌症，FOBT或DNA粪便的检测结果也可能是异常的。阳性结果可能需要进行更多检查，包括结肠镜检查。