在利用甲胎蛋白诊断肝癌时，应注意排除肝癌以外的情况引起的甲胎蛋白的升高。这些情况包括：
1、肝炎和肝硬化部分的肝炎和肝硬化的活动期都有肝细胞的损害及肝细胞的再生。肝细胞的再生过程中，会产生一定量的甲胎蛋白，但是，一般不会超过每升血400微克。而且，随着肝细胞损害、再生的停止，肝功能的恢复，谷丙转氨酶恢复正常，甲胎蛋白也会恢复正常，因此可以动态观察甲胎蛋白和谷丙转氨酶变化，如二者同步升高，则提示甲胎蛋白升高由肝炎引起，如甲胎蛋白持续升高而谷丙转氨酶正常则提示肝癌。
2、胚胎源性的肿瘤睾丸和卵巢的胚胎源性肿瘤中含有卵黄囊的成分，在胚胎时期卵黄囊细胞也是产生甲胎蛋白的来源，所以，胚胎源性的肿瘤也会产生一定量的甲胎蛋白。通过仔细检查这些器官，可排除这些器官引起的甲胎蛋白升高。
3、其他癌症 少数胃肠道的恶性肿瘤会产生低浓度的甲胎蛋白。尤其是胃癌，据报道胃癌病例中有15％的甲胎蛋白会升高，但多数不会超过每升血400微克，检查大便隐血，胃肠道X线或内窥镜可排除胃肠道的恶性肿瘤引起的甲胎蛋白升高。
其他如妊娠、新生儿也有甲胎蛋白阳性。