一、肾活检标本的充分性
对于局灶性节段性肾小球硬化：具有诊断意义的病变更可能表现在髓旁肾小球，如果肾活检标本局限在肾皮质的外2/3，即使其含有很多肾小球也可能不具有代表性。南方医科大学第三附属医院肾内科邹和群
二、假阳性与假阴性
1、光镜的缺陷:有些病变在光镜不能被发现，因此我们不主张在单纯只有光镜而没有免疫荧光和电镜的前提下发出病理报告。
2、免疫病理技术缺陷:不成熟的免疫荧光技术常导致病理诊断的错误; 免疫组化技术很容易出现假阳性背景的，常导致病理诊断的错误。
3、切片技术缺陷:不成熟的切片技术，也常有可能导致病理诊断的错误。
4、读片技术缺陷:不成熟的读片技术，也常有可能导致病理诊断的错误。
三、特异性问题
在一份肾脏活检标本中，只有很少的肾脏疾病形态学类型具有特征性、典型性或预后判断价值。同样的病因、同样的发病机制可引起不同类型的肾小球病变, 如狼疮肾炎的不同类型。
（一）非特异性病变
1、IgA为主的免疫沉积不一定是IgA肾病。国内普遍将IgAN作为单一疾病讨论，造成了对许多患者复杂疾病的混淆。其实IgAN还可以是其他疾病如：乙肝肾、HSP、血管炎、MCD。
2、病理诊断“急性毛细血管内增生性和渗出性肾小球肾炎”，不等于临床诊断“链球菌感染后肾小球肾炎”。即使免疫荧光和电镜特征与链球菌感染后肾小球肾炎病变完全一致时也不能断定。
（二）特发性与继发性
1、“膜增生性肾小球肾炎”可能是以下疾病：
（1）特发型，
（2）冷球蛋白血症,
（3）系统性红斑狼疮,
（4）感染后肾小球肾炎,
（5）糖尿病肾病。
2、“局灶节段性肾小球硬化”可能是以下疾病：
（1）多种肾小球肾炎
（2）多种小管间质性肾炎
（3）系统性疾病
（4）移植肾病
四、病理报告的科学性问题
1、“弥漫增生性肾小球肾炎”可能是以下疾病：
（1）APGN
（2）狼疮性肾炎
（3）原发IgA肾病
（4）慢性活动性肝病继发IgA肾病
2、“轻度系膜增生”可能是以下疾病：
（1）APGN恢复期
（2）IgA肾病
（3）IgM肾病
（4）小管间质性肾炎
（5）系统性疾病